第三季讲述石垣医疗财团设立的第二季结尾之后的故事，刻画三年之后进化的石垣医院和医生们的成长。
本片為徐增宏導演，申江編劇，何莉莉飾玉面飛狐。故事描述，玉面閻羅夏梧（田豐）與司馬秋（黃宗迅）同為鏢局金婁文之義子，後司馬鏢傷夏之臉，並將師父殺死；夏帶秘笈抱初生女兒逃走，司馬更乘懷孕中的夏妻昏倒時姦污了她。夏抱女入山修練，並傳武藝予女兒玉面飛狐，命她出山向司馬劫鏢報仇。後飛狐遭司馬擒住，幸為護鏢的鐵笛書生徐繩武（張翼）所救。飛狐回山後，父疑心其與徐有私情，把她關在地窟中……
该剧以单元形式展开讲述女法医“JD宋安妍”（蔡卓妍 饰）在“死因解码研究所”的遭遇为线索，协助警方破获一个个诡异案件，同时试图探寻父亲旧案的真相，并与神秘女子林小美（钟欣潼 饰）、热血探员刘志明（张孝全 饰）之间展开的一系列惊心动魄的故事。女主角“JD宋安妍”因患HSP“高敏症”而拥有极高敏感度的大脑，不由自主全天候接收一切资讯，在不堪其扰的同时也屡次凭借信息储备量非凡的“最强大脑”打开线索关窍，解开悬案谜题。
1990年代，上海。歌剧演员颜蔚（秦怡 饰）祸不单行，丈夫刚刚去世，如今女儿夏樱（刘赫男 饰）又患了精神分裂症住院，此时歌剧院领导通知她去厦门开会，她自感分身无术。夏樱的病情时好时坏，令颜蔚心急如焚。医院沙院长（刘琼 饰）告诉颜蔚，精神病人发病时自己并不觉痛苦，相反，痛苦的是家属。新来的小病友吹奏的囗琴曲《世上只有妈妈好》在患者中引起共鸣，不少病人脸上的表情不再木然，还有人流下泪水。颜蔚将逐渐好转的女儿接回家中康复治疗，并带她游览了日益发展的上海城区。清明时节，在给亡夫扫墓时，颜蔚遇见了为妻子上坟的沙院长......
一个独居的老头去世了，相熟的街坊亲友来简单给他办了办白事。街坊在老头的葬礼上闲聊,提到了他和他儿子的往事，在两人的对错上各执一词。街坊们思考儿子是否也会像父亲那样对待自己的儿子时，儿子带着孙子出现在葬礼现场。
福建省福泉镇的龙村，地方繁荣，百姓安居乐业。虽然仍有一些投机者夹杂其中，但地方村民受到龙村少林国术馆馆主的维护，投机者无法施展其技俩。但龙村地方繁荣倒是引起外来恶徒的垂涎。福泉镇每年一度的国术竞技比赛，优胜者可担任国术总会的总管。多年来，民防保安队队长一直被地方鼠辈何荣父子事前收买为评判员，以取巧方式得胜，使其掌管国术总会，进而向村民收取保护费。龙村少林馆主庄泰，为一少林正派宗师，务必在今年的比赛大会中争取胜利，解除村民的负担……
女探艾絲（何莉莉）化身成走私犯禿子的情婦，與魔女黨黨徒桃麗（范麗）的男友程鐵虎（唐菁）認識。桃麗醋意大發，與絲交手，終不敵離去！魔女黨首領黑寡婦認絲身手不凡，決踢絲入黨。絲潛入魔女黨總部，取得黑寡婦信任，將魔女黨的組織綱以及黨員名單拍攝下來。不料此時，禿子越獄，絲身份被揭露，而鐵虎已愛上絲，冒死將絲救出……。何莉莉在片中盡顯靈活身手，堪稱港產「女鐵金剛」。
叶梦虹和男友安子鸣来到湖洲村，叶梦虹的舅舅金虎是村支书。周志轩的蔬菜脱水厂由于环境污染问题被关停，正值收获香葱的季节，脱水厂被关，村民们的蔬菜没有销路，大家陷入了困难。 此时也到了村支书换届选举的时候，叶梦虹对外婆家这个村太熟悉了，主动要求从镇里派到湖洲村做村支书。因此叶梦虹和舅舅产生了矛盾，舅舅不理解的是，这个外甥女竟然跟自己抢着当支书。男友安子鸣也反对叶梦虹去当这个村支书。村里的名望很高的二先生却很支持叶梦虹。
俊朗英俊、风流倜傥魏如风（林申 饰）拥有一段曲折而悲惨的童年，童年时他曾亲眼目睹涉嫌贩毒的父亲郑同（房子斌 饰）被刑警叶向荣（尤勇 饰）击毙的场面。悲伤的少年被人贩子拐卖，遇见了当初有过一面之缘的同龄女孩夏如画（李沁 饰）及其外婆（归亚蕾 饰）。他们以兄妹相称，经历了风风雨雨，在外婆去世后更相依为命。如风通过同学程秀秀知道了他的父亲程豪（苗侨伟 饰），而这个拥有显赫地位的男子恰恰和如风和如画两姐妹有着乱麻一般的渊源。这些人彼此缠绕，不可挣脱，甚至连如风父亲当年的丧身疑案也被卷入其中，这背后究竟隐藏着什么样的故事？ 本片根据九夜茴的同名小说改编。
本片采用朴素而又现实的表现手法，一个故事是以当下80后的现实爱情故事为背景，讲述了卫梦与肖鸣宇高中时因误会错失情缘，一直单身。同学聚会上两人再次相遇，重燃爱火，却因种种试探，使这段情缘前途未卜。另一个故事则是90后女孩沙立夏追寻音乐梦想的故事背景，独特的拍摄角度展现了高考失意成了父母阻止她音乐梦的导火索，面临父亲的反对，沙立夏毅然决然鼓起勇气坚持梦想，最终赢得了父亲的支持。